Сюжет игры как бы логически продолжает концовку предыдущей Prince of Persia: Warrior Within. Принц, после того как убил Дахаку (стража Времени) и вновь изменил свою судьбу, возвращается в Вавилон со своей спутницей – Императрицей Кайлиной. Но, как выяснилось, Вавилон захвачен армией врага, а корабль, на котором плыли Принц и Императрица попадает под удар, после которого Кайлину похищают. Принц, выбравшись в горд, узнает, что армией руководит его старинный враг – визирь. А дело в том, что ранее (во второй части) Принц отменил само создание Песков Времени, а следовательно и все связанные с этим происшествия: атака армии отца Принца на замок индийского Махараджи, убийство визиря-предателя, а также открытие и закрытие Песка Времени. Махараджа сам отправляется на Остров Времени, но Песков там не нашел, так как Принц изменил историю. Вместо этого Махараджа нашел на острове книги и сам Кинжал Времени, который каким-то образом попал в руки к визирю-предателю вместе с книгами. После изучения книг визирь пришел к однозначному выводу – есть возможность получить бессмертную жизнь, но при только помощи Кайлины – Императрицы Острова Времени. Визирь отправляется на встречу Принцу в Вавилон и там похищает Императрицу. Удивительным образом Принцу удалось заполучить Кинжал Времени. Теперь его главной задачей является убить визиря-предателя и освободить Императрицу Времени с плена. Также Принцу снова помогает Фара, дочь Махараджи, которая его не помнит, после того как Принц изменил историю. Игровой процесс очень похож на тот, который присутствовал в первой части игры. В «The Two Thrones» очень большая роль уделяется акробатике, к тому же разработаны несколько новых акробатических приемов. Боевая система игры практически идентична той, которая присутствовала во второй части игры («Prince of Persia: Warrior Within»). В этой версии игры геймеру нужно будет двумя игровыми персонажами поочередно – самим Принцем и его ужасным двойником – Темным Принцем. В правой руке Принца находится основное оружие и если не считать смены кинжалов с обыкновенного на Кинжал Времени, то основное оружие на протяжении всей игры не меняется. Чего не скажешь про дополнительное оружие в левой руке, которое также как и в предыдущей версии очень многообразно, от мечей до всевозможных топоров. Темный Принц владеет довольно мощным дополнительным оружием – длинная цепь. В конце игры Принц меч своего отца, который невозможно выбросить и который сокрушает всех врагов одним ударом. В Двух Тронах разработаны некоторые нововведения среди которых присутствует быстрое убийство (speed kill). Эта особенность позволяет игроку совершенно бесшумно подобраться к врагу и убить его одним ударом. Среди боевых характеристик Кинжала Времени в этой части выделяются такие: Глаз Бури (Eye of the Storm) – функция замедления. Замедляется все кроме Принца. Эта функция дает преимущества в скорости. Отзыв (Recall) – Возврат времени до 10 секунд. Дает возможность отменить неудачнй прыжок или любое другое неудачное действие. Ветры Песка (Winds of Sand) – расходуется два отсека Песка Времени в Кинжале, но сваливает всех врагов на землю, нанося при этом большой урон здоровью. Песчаная Буря (Sand Storm) – (Шторм Судьбы – аналогия из второй части). Также сбивает всех врагов и наносит большой урон их здоровью, но при этом расходуется весь запас Песка Времени в Кинжале. Следующими играми в серии Принца Персии были Prince of Persia: Revelations, которая была выпущена той же Ubisoft 6 декабря 2005 года для игровой приставки Sony PSP и уже 7 декабря 2005 года - Battles of Prince of Persia для Nintendo DS. В 2007 году Ubisoft презентовала Prince of Persia: Rival Swords для PSP. Ожидающейся версией игры о приключениях Принца является Prince of Persia: The Fallen King для Nintendo DS. В этой игре можно будет использовать сенсорный экран. Для персональных компьютеров Ubisoft пока не начала разработки новых версий, да и смотря на все предыдущие версии фанаты Принца не будут скучать в прохождении игры и им не скоро понадобится обновления в игре.
Prince of Persia: Warrior Within. Принц, после того как убил Дахаку (стража Времени) и вновь изменил свою судьбу, возвращается в Вавилон со своей спутницей – Императрицей Кайлиной. Но, как выяснилось, Вавилон захвачен армией врага, а корабль, на котором плыли Принц и Императрица попадает под удар, после которого Кайлину похищают. 
В «The Two Thrones» очень большая роль уделяется акробатике, к тому же разработаны несколько новых акробатических приемов. Боевая система игры практически идентична той, которая присутствовала во второй части игры («Prince of Persia: Warrior Within»).